В Угличе чеканили свою монету и вели летописание. В 16 веке после смерти Ивана Грозного в город был сослан его младший сын - царевич Димитрий. В 1591 году мальчик был найден мёртвым, а в его смерти подозревали главного советника царя - Бориса Годунова. Эти обстоятельства повлияли на дальнейший ход истории Руси - наступила Смута, которая привела к разорению и упадку государства. В начале 17 века город был разгромлен. Лишь со второй половины 17 века Углич начал восстанавливаться. Царь Михаил повелел возобновить здесь каменное строительство и выделил для этого значительные средства из казны. В конце 18 века Углич стал уездным городом Ярославской губернии.