В 1097 г. в Кайсери пришли крестоносцы, а в 1243 г. - монголы. После череды турецких вождей в 1397 г. городом овладел Беязит I.
После победы Тамерлана в битве за Ангору город перешел под контроль эмира Karamanoglu, а в 1515 г. при Селимее Мрачном вошел в состав Оттоманской империи.
В наши дни Кайсери - жизнедеятельный город, который идет в ногу со временем; здесь очень заметны контрасты, порой кричащие, между старым и новым миром.
Все большее развитие получают экономика и промышленность, однако традиционная ремесленная деятельность не становится от этого менее активной, продолжая поставлять на рынок чудесные ковры и драгоценные ювелирные изделия.
От древней Цитадели, воздвигнутой византийцами и укрепленной сельджуками, сохранилась крепостная стена из вулканической лавы, прерываемая башнями.